做糕水馒头是很费劲、费时的过程。首先要培养糕水，准备好上乘的糯米，在水中浸泡几个小时，清洗干净后，煮成糯米粥，待糯米粥稍微冷却后，加入老酵母。加入酵母时的糯米粥温度很有讲究，如糯米粥温度太高，酵母菌就很快被杀死。经过一个晚上的发酵，就变成糕水，用纱布过滤，将发酵过的糯米粥残渣过滤掉，剩下的就是制作馒头发酵用的糕水。
制作糕水馒头事先要准备好馅料。北方馒头没馅，南方馒头有馅，与北方的包子类似。馒头馅料有咸的，甜的。咸的馅一般由肉丁、豆腐丁、葱丁等馅料用酱油、食盐、味精等调料搅拌而成的。
甜的馅一般用豆沙、猪板油、红糖或白糖搅拌而和成球状。
接下来是和面，将上等的小麦粉放在盆里，堆成富士山状，中间低四周高，以便糕水倒入时，可以与面粉充分接触，然后均匀搅拌，形成软硬适中的面团。
接着将面团放在桌子上，这时的面团还不能包馒头，还需使劲地搓揉。这一阶段一般由男人能胜任这项工作。这样经过处理的面团就变成很有光洁度、韧性度强。
接着将面团搓成圆柱状，最后摘成若干个一手心大的小面团。接着用手使劲地搓，使之成为光滑、柔韧的小面团。将面团慢慢捻成厚薄均匀的碗状，放入馅料，慢慢地将口子收拢，收拢的口子倒过来做底，用双手轻转调整馒头形状，以达到美观、端正，以免发酵时形状不正发生粘连，影响馒头的口感与美观。将包好的馒头按一定间隔装进蒸笼里，待全部装笼后，将蒸笼放进加入温水的镬里，酵母在适温下发酵很快，要随时观察他们发酵状态。
根据发酵快慢，发酵快的先放入煮沸的开水蒸，需要用大火蒸一炷香的时间，那时可以掀开蒸笼盖子，用蘸着冷水的手轻轻地拍一下馒头，如果馒头很有弹性，待会儿就看不见手拍的印迹，说明馒头已彻底熟了，可以出笼了。否则继续蒸。刚出笼馒头的味道定会让你垂涎三尺。
